Le flamant rose occupe une niche que peu d'espèces convoitent, celle des eaux peu profondes, très salées ou alcalines, souvent dépourvues de poissons et de végétation. Ces milieux apparemment pauvres abritent une abondance de micro-organismes accessibles par filtration. Lagunes littorales, salins et lacs alcalins en sont les principales formes.
Les lagunes littorales et les étangs saumâtres constituent le cœur de son habitat. La profondeur y dépasse rarement une cinquantaine de centimètres, ce qui correspond exactement à la longueur de ses pattes et lui permet de se nourrir debout.
Les salins exploités par l'homme sont devenus des sites de premier plan. Leurs bassins d'évaporation successifs offrent une gamme complète de salinités, et les plus concentrés d'entre eux fourmillent de petites crevettes des eaux salées. La couleur rosée que prennent ces bassins vient d'ailleurs des mêmes micro-organismes qui colorent l'oiseau.
Les lacs alcalins d'Afrique de l'Est constituent le milieu le plus extrême. Leur eau, chargée en carbonate de sodium, est corrosive au point d'écarter presque tous les prédateurs terrestres, ce qui en fait des sites de reproduction exceptionnellement sûrs.
Deltas, estuaires et vasières complètent la liste, notamment sur les côtes atlantiques africaines, où l'oiseau exploite les surfaces découvertes à marée basse.
Trois conditions doivent être réunies. Une profondeur faible et régulière d'abord, car un plan d'eau trop profond devient inexploitable et un plan d'eau asséché ne produit plus rien. Une salinité élevée ensuite, qui garantit à la fois l'abondance des proies et l'absence de compétiteurs. Un isolement suffisant enfin, un îlot ou une berge inaccessible, sans quoi la reproduction échoue.
Les exigences de l'espèce expliquent l'instabilité apparente des colonies. Un site excellent une année peut être délaissé la suivante si le niveau d'eau a changé de quelques dizaines de centimètres, ce qui pousse l'espèce à prospecter en permanence de nouveaux plans d'eau.
L'espèce se répartit sur trois continents. Autour de la Méditerranée, les principales populations occupent le sud de la France, l'Espagne, l'Italie, la Turquie et l'Afrique du Nord. En Afrique, elle est présente de la Mauritanie à l'Afrique du Sud, avec des concentrations importantes sur les lacs du Rift.
Plus à l'est, l'aire de répartition atteint le Proche-Orient, l'Iran, le sud de la Russie, puis l'Inde et le Sri Lanka. Cette vaste distribution en fait le flamant le plus largement répandu des six espèces.
La Camargue est le site majeur en France et l'un des plus importants de Méditerranée occidentale. La colonie nicheuse est installée sur un îlot aménagé dans un étang salé, dispositif créé après des années de reproduction irrégulière et qui a permis de stabiliser durablement les effectifs.
D'autres sites accueillent l'oiseau en nombre sans qu'il s'y reproduise systématiquement, notamment les étangs de l'Aude et de l'Hérault, ceux du golfe de Fos et les salins de la côte languedocienne. La Corse reçoit également des groupes en hivernage.
Les sites français sont, pour la plupart, protégés au titre des réserves naturelles ou des conventions internationales sur les zones humides, ce qui n'empêche pas les tensions avec la pêche, l'agriculture et la fréquentation touristique.
Le flamant rose n'est pas un migrateur au sens strict. Une partie des oiseaux reste sur place toute l'année quand les conditions le permettent, tandis qu'une autre partie gagne en automne des sites plus doux, en Espagne, en Italie, en Tunisie, en Algérie ou plus au sud en Afrique de l'Ouest.
Les déplacements sont opportunistes plutôt que programmés, car ils suivent la disponibilité de l'eau et de la nourriture, et un même individu peut hiverner à des endroits très différents d'une année sur l'autre. Le baguage a révélé des trajets de plusieurs milliers de kilomètres et des allers-retours inattendus entre colonies méditerranéennes.
En vol, la formation est caractéristique, en ligne ou en V, cou et pattes tendus dans le prolongement du corps, ce qui donne une silhouette de croix reconnaissable de loin. La vitesse de croisière avoisine cinquante à soixante kilomètres par heure, et les déplacements se font souvent de nuit.
L'avenir de l'espèce dépend entièrement de celui des zones humides salées, qui figurent parmi les milieux les plus dégradés au monde. Le drainage agricole, l'urbanisation littorale et le prélèvement d'eau douce en amont réduisent les surfaces disponibles.
S'y ajoutent des pollutions diffuses, métaux lourds et pesticides accumulés dans les sédiments, qui remontent la chaîne alimentaire jusqu'à l'oiseau. La fermeture ou la reconversion de salins historiques pose enfin une question paradoxale, puisque des sites industriels sont devenus indispensables à une espèce sauvage, et leur abandon menace directement les colonies qui s'y étaient installées.